1. 해당 구문은 중복고객만을 대상으로 하고 있지 않습니다.
  - SAME_CUST_YN = 'Y' 조건은 서브쿼리에만 있습니다.
  - 메인 쿼리에는 조건이 없으므로 10만건이 업데이트 됩니다.
2. 서브쿼리는 메인쿼리 건수만큼 반복 수행됩니다.
  - 1000건에 대한 분석함수 수행 서브쿼리가 10만번 반복 수행됩니다.
  - 10만건 풀스캔하고 1000건 정렬하는 작업만 10만번 수행하는 것이죠.
  - 메인쿼리에 SAME_CUST_YN = 'Y' 조건을 추가한다고 해도 1000번 반복 수행됩니다.
3. 메인과 서브의 수행 순서를 바꿔야 합니다.
  - 서브쿼리가 먼저 수행되게 하려면 Merge 구문을 이용하세요.

MERGE INTO t_cust_mst a
USING
(
SELECT cust_id
     , ROW_NUMBER() OVER(PARTITION BY cust_nm ORDER BY cust_id) new_seq
  FROM t_cust_mst
 WHERE same_cust_yn = 'Y'
) y
ON (a.cust_id = y.cust_id)
WHEN MATCHED THEN
UPDATE SET same_cust_seq = y.new_seq
;

 감사합니다. 두번째 인라인뷰가 업데이트 한번될때마다 실행되고

그래서 느려지겠구나 하는 것을 글을 올리고 나서 알았습니다.