3천만건이라....그렇게 오래 걸리지는 않을껀데요..어떻게 데이터를 넣으셨는지요?

여러가지 상황에 따라 다르겟지만 일반적으로 MyISAM 타입이 InnoDB 타입보다는 insert 속도는 빠릅니다.

테이블 구조도 별로 특별하지 않습니다.
auto_increment하는 idx키에, varchar type의 id필드, int형의 몇개 그리고  날짜타입(년월일)하나.
인덱스는 id랑 날짜필드랑 pk로 잡힌 idx이렇게 세개군요..

넣는건 쉘모드에서 mysql -u xx -pxx --default-character-set=cp932  test < test.sql 

test.sql파일크기가 한 2.3기가 정도입니다.

ps)버전은 mysql-5.0.27이고 바이너리 버전이고 OS는 cent 4.4입니다.

마이아이삼은 삽입, 갱신할 때 빠르고,, 이노디비는 검색시 빠르다고 합니다.

복구할 때 테블에 걸린 키값을 없앤 후 복구 끝나고컬럼에 키값을 설정하는 것이 훨씬 빠릅니다.

혹시나 해서...
innodb 타입은 my.cnf 설정파일에서 테이블스페이스(?)를 정해주는데요.. 입력하시려는 데이터의 크기가 테이블스페이스의 용량을 넘어서게 되면 추가 입력시 스페이스 자동으로 늘리느라 엄청 버벅일수 있습니다. 이런 경우도 있을수 있으니 한번 살펴보시는게....