잘 알고 계시겠지만, 질문이 너무 막연하네요. ^^

첫번째, MySQL 4 -> 5로의 이전에서 mysqldump을 통해 얻은 데이터를 새로운 데이터베이스에 넣고자 할 때, 어떤 에러가 발생하는지 알려주셔야, 다른 분들이 도와줄 수 있으리라 생각됩니다. 질문이 많아도 나누어서 물어보시면 답변을 달기에 용이해집니다.

두번째, 위와 마찬가지로, 잘 안되는 것의 내용과, 에러가 뜬다면 어떤 에러가 뜨는지를 알려주셔야 뭐라도 도와드릴 수 있을 것 같습니다.

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각설하고, 첫번째의 경우는 대부분의 경우에 캐릭터셋을 제외하고는 잘 이전됩니다. navicat툴이 뭔지는 모르겠으나, 특별한 툴 없이 dump 데이터만 가지고도 이전은 잘 됩니다.

두번째는 제가 경험해본 바도 없고, 특별히 그런 작업을 위한 툴이 있는지는 모르겠지만, 일단 제가 생각한 방법은 아래와 같습니다.

(1) MSSQL을 Native하게 사용하지 않을 계획이라면, ODBC나 JDBC를 설치하셔야 합니다.

(2) ODBC나 JDBC에서 외부에서 접속할 수 있도록 커넥터를 생성합니다.

(3) 커넥터를 통해 특정 언어(PHP, JAVA, C++등등)에서 접속을 시도하여, 잘 되는지 확인합니다.

(4) 기존 MySQL데이터의 형식(테이블과 인덱스 등)을 MSSQL쪽에 유사하게 만들어줍니다. ( 이 부분을 자동으로 해주는 툴이 있는지는 잘 모르겠습니다. )

(5) 기존 DB의 데이터를 언어를 통해 MSSQL쪽에 넣습니다. ( 이 과정에서 인덱스와 PK등을 잘 고려해줘야겠죠. )

(6) 새로운 DB에 접속하여 값을 확인하고 테스트합니다.

위의 과정중 어디에서 안되는 것인지 상세한 질문을 적어주시면, 그것에 따른 상세한 답변이 가능하지 않을까 생각되네요.

mysql4.x -------->   윈도우 mysql5.x

버전업시 가장 문제가 되는것이 캐릭터셋입니다. 

물런 같은 캐릭터셋을 가지고 갈 경우에는 단순한 mysqldump 유틸리티를 이용하여

import 하는것만으로도 이상없이 진행할수 있습니다. 

말씀하신 배치는 어떤것인지 모르겟으나..

아마도 그냥 import 하는것을 말씀하시는듯하네요

최초 이전 대상 DB의 캐릭터셋과 이전할 DB의 캐릭터셋을 맞춰주는것이 관건이구요

만약 캐릭터셋이 다를경우 덤프시 캐릭터셋을 지정해주는 방법이 있습니다. 

또한, 캐릭터셋이 다를경우에는 문자열 크기라던지 다른 부분에서 에러가 나는 경우가 있습니다.

(저는 3.23에서 5.xx로 업글을햇기때문에 발생하는 문제일지도 모르겠구요..)

성공적으로 DB를 이동하였다고 할지라도 이부분에는 반듯이 확인을 해 두셔야할 부분입니다. 

참고하실 웹주소는 아래와 같습니다. 

http://blog.naver.com/idhand?Redirect=Log&logNo=70016758282

그럼 성공하시길...