MYI가 MYD보다 용량이 큰 경우는 수시로 발생합니다.
인덱스를 안타거나 하는 경우는 없구요, MYD는 데이터가 시퀀셜하게 들어 있어, 이를 빨리 찾아보기 위해 MYI를 만드는 것이니, 인덱스를 많이 설정하는 경우에는 MYD보다 용량이 커지기도 됩니다.

MYI파일이 커졌을 경우의 해결책이라.. 일반적인 해결책은 모르겠고, 전략의 문제인데, 스트링에 대한 인덱스를 자제하고, 불필요한 인덱스 들은 제거를 하는 것이 좋겠습니다.

몇일만에 답변이 달린건지..;; 

너무 감사드리구요.. 소중한 정보 잘 사용하도록 하겠습니다..

미러링을 안타는 이유는 다른데 이유가 있었나 봅니다.