일반적으로 logrotate로 log를 일간/주간 정도로 로테이션 시켜셔 일정 기간 보관 후 삭제를 편하게 할 수 있습니다.

mysql logrotate로 검색해보시면 도움되실 자료를 찾으실 수 있을 것 같습니다.

제가 사용하는 로그 보관 스크립트입니다..!!
도움이 될지 모르겠지만 참고하세요..^^;
RHEL 4.5 에서 cron에 등록 시켜서 사용 중....
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# 최근 10일 동안의 로그 보관
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CDATE=`date +%Y%m%d-%H%M%S`
LOG_DIR="/........../mysql/data/logs"
USER="root"
PWD="******"
SAVE_INTERVAL="10"

mysqladmin -u $USER -p$PWD flush-logs

# query log
cp $LOG_DIR/query.log $LOG_DIR/query.log.$CDATE
/bin/nice /bin/cat /dev/null > $LOG_DIR/query.log

# slow query log
cp $LOG_DIR/slow.log $LOG_DIR/slow.log.$CDATE
/bin/nice /bin/cat /dev/null > $LOG_DIR/slow.log

# binary log
mysql -u $USER -p$PWD -e "PURGE MASTER LOGS BEFORE DATE_SUB( NOW(), INTERVAL $SAVE_INTERVAL DAY );"

# error log
mv $LOG_DIR/error.err-old $LOG_DIR/error.err.$CDATE

# delete logs
find $LOG_DIR -type f -ctime +$SAVE_INTERVAL -exec rm -f {} ';'