innodb_data_file_path 의 용량 설정은 ibdata1 에만 영향을 주는 것으로 알고 있습니다. 제가 직접 겪어본 상황은 아니지만, 눈팅 좀 해보니 4MB 단위로 커지고 파일 시스템에 따라 크기 제한이 있는 정도입니다. 결론적으로 테이블 크기에 따라 알아서 자동 증가가 된다고 보면 되지 않을까 싶습니다.

참고 링크 : stackoverflow.com/a/4815412/366908

덧) innodb_file_per_table 을 설정해서 ibd 파일을 바이너리 레벨에서 백업하는 경우에도 ibdata1 파일도 반드시 백업하시길 바랍니다. ibd 만 있다고 복원되는게 아니라, 해당 table id 가 ibdata1 에 보관되어 있기 때문에, 이 파일을 잃어버리는 경우엔 아주 힘든 방법으로 복원해야 하더군요. 

데이터 자체가 file 로 떨구는 거라서

해당 OS 의 file 생성 사이즈제한 까지 증가 가능합니다.