ja 버전은 일본어 환경 사용자들을 위해서 완벽하게 특화해 두었네요. 그외에는 별로 차이나는 것이 없는 듯.

일반 배포판은 OS의 로케일에 따라 자국어 메시지를 보거나 사용할 수 있는데, ja 버전은 어떠한 OS든 간에, 무조건 일본어 환경으로 만드는 것 같습니다.

한국어 사용자라면, 무시해도 될 배포판같습니다. 일본어를 사용해야한다면, 그냥 일반 배포판 설치해서 db 문자셋을 일본어로 하면 되니까요.