Window에서 유닉스에 ldap을 참조하시든지 반대로 하시든지 JAVA를 이용할 경우 JNDI를 사용하시면 되고 Netscape나 노벨에서 제공하는 SDK를 이용하시면 됩니다. 참고로 저는 솔라리스에서 어플리케이션 서버에서 프로그램을 돌리고 사용자 인증은 NT의 액티브 디렉토리에서 했습니다.
그리고 NT에서만 사용할 수있는API는 ADSI라는게 있습니다.