엄청난 양이로군요.

전체 DB 크기가 어느 정도인지 몰라도, 이럴 경우라면 다른 해법을 찾으셔야 합니다.
MySQL 이 과연 그런 규모에서 제대로 결과를 내어 주느냐 하는 것은 의문스럽습니다.

나름대로 생각하는 해결방법입니다.

1. 무식한 방법은 서버 사양을 늘이는 방법입니다. 충분한 속도를 낼수 있도록...
2. 가장 기본적으로 DB tuning 을 제대로 하셔야 합니다. 단순한 index 구성 부터, 내가 사용하는 query 에 맞춰서 구성하시고, query 를 줄때 인덱스를 제대로 타는지 확인하셔야 합니다.
3. 만약 이런 방법으로도 안되면, 해당 쿼리 결과를 미리 단독 테이블로 구성하는 방법도 생각해 보셔야 합니다. 이럴 경우는 이런 query가 많지 않다면 비효율적이겠죠.