저도 허접하지만 알고 있는 것을 알려드리겠습니다. 나머지는 고수님들 답변을 참고하세요.

인덱스의 개념을 알고계시면 의외로 간단하게 해결됩니다. 전화번호부를 예로 들겠습니다. 전화번호부를 보시면 이름순으로 만들어져 있다는 것을 아실겁니다. 인덱싱이 되어있다는거죠.

[book]
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name        phone
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김민우       02-123-5678
김상식            :
   :                 :
나정렬            :
   :                 :
사오정            :
   :                 :
홍길동            :
=========================
 다음과 같이 하면 홍길동이라는 이름의 전화번호를 쉽게 찾을 수 있습니다.
쿼리 : SELECT * FROM [book] WHERE name = '홍길동'

그럼 다음과 같이 성은 모르겠고 이름이 길동으로 끝나는 사람을 찾아오라고 하면 어떻게 될까요?
쿼리 : SELECT * FROM [book] WHERE name LIKE '%길동'
그러면 어쩔 수 없이 [book]전체를 뒤져서 이름이 길동으로 끝나는 사람들의 목록을 가져와야 합니다.

쿼리의 name부분에 함수를 사용해 버리면 똑같은 결과를 얻게 됩니다. 인덱스를 타서 첫 부분과 비교를 해야 되는데 함수를 사용해 버리면 전체를 살펴볼 수 밖에 없는거죠. 다음과 같은 쿼리가 그런 예입니다.
쿼리 : SELECT * FROM [book] WHERE SUBSTRING(name, 2, 2) = '길동' (전화번호부로 찾기가 쉽지 않습니다. 컴터는 단순합니다. 물론 성과 이름을 나눠서 인덱싱 해놓았다면 쉽게 찾을 수 있겠죠.)

물론 다음과 같은 쿼리는 인덱스를 이용합니다.
쿼리 : SELECT * FROM [book] WHERE name LIKE '홍길%' (전화번호부로 쉽게 찾을 수 있겠죠?)

필드에 함수를 이용한다는(가공한다) 말은 해당 필드명에 함수를 이용하는 것이지 값을 입력하는 부분은 상관이 없습니다. 다음 쿼리와 같이 해도 인덱스를 잘 탈 수 있다는거죠.
쿼리 : SELECT * FROM [book] WHERE name = SUBSTRING('홍길동이다', 1, 3)

한 마디로 이렇게 하지 말라는 말입니다. '홍길'로 시작하는 사람들의 전화번호 목록을 뽑고 싶다고 합시다.
쿼리 : SELECT * FROM [book] WHERE LEFT(name, 2) = '홍길'
이렇게 해버리면 인덱스를 탈 수 가 없습니다.

인덱스가 있는 컬럼을 가공하면 인덱스를 탈 수 가 없다는 것이죠. 오른쪽의 비교 값은 상관없습니다. 인덱스에서는 그게 중요한게 아니니까요.

네...답변 감사합니다~
좀더 제가 확인을 해봐야겠네요.