로컬DB와 링크된 서버간의 문제이겠네요.

1. 네트웍 문제

  네트웍 사정이 않좋을때 발생하겠지요..

  서버간 연결시간, 쿼리실행시간 조정해보세요

sp_configure 'remote login timeout', 30

go 
reconfigure with override 
go 
					

sp_configure 'remote query timeout', 0 

go 
reconfigure with override 
go 

출처 : http://support.microsoft.com/kb/314530/en-us

2. 프로시저안에 연결된서버쪽에서만 실행되는 쿼리가 인덱스등을 잘못 타서 쿼리 실행시간이 너무 길어져서 발생하는 문제

연결된 서버에서만 실행되는 부분을 따로 떼어서 연결된서버쪽에 가서 실행해보고 인덱스를 제대로 타고 있는지 살펴보세요

도움이 되었으면 좋겠습니다